Uit de metingen van de nitraatgehalten van de waterlopen en het grondwater, blijkt dat de landbouwsector de belangrijkste bijdrage levert aan de uit- en afspoeling van nitraten, door te bemesten. Ook modelmatige berekeningen bevestigen dat. Daarom wordt prioritair ingezet op verbeterde bemestingspraktijken voor de landbouwsector volgens het principe van de 4 J's in het Mestdecreet.
Voor andere sectoren, zoals huishoudens en industrie, die rechtstreeks lozen in de waterlopen, wordt ook een beleid gevoerd. Die maatregelen zitten vervat in beleidskaders buiten het Mestdecreet.