Om het oppervlakte- en grondwater te beschermen tegen de uitspoeling van nitraten, volgt de Mestbank het nitraatresidu van de landbouwgronden op. Er is immers een duidelijk verband tussen het nitraatresidu in de bodem op het einde van het groeiseizoen en het risico op uitspoeling van nitraten naar oppervlakte- en grondwater tijdens de winter. Hoe hoger het nitraatresidu, hoe groter het risico op uitspoeling van nitraten. Het nitraatresidu in het bodemprofiel op het einde van het groeiseizoen moet dan ook zo laag mogelijk zijn. Een oordeelkundige bemesting is van cruciaal belang om een laag nitraatresidu te halen.
Elk najaar worden in de periode van 1 oktober tot en met 15 november heel wat landbouwpercelen bemonsterd voor een nitraatresidubepaling. Een perceel kan om verschillenden redenen geselecteerd worden. De reden van selectie bepaalt of de nitraatresidubepaling in opdracht en op kosten van de Mestbank gebeurt of van de betrokken landbouwers.
Tot 2014 werd het nitraatresidu in hoofdzaak ingezet als een begeleidend instrument om de landbouwers te helpen bij het realiseren van een beter nitraatresidu. Met het vijfde actieprogramma wordt de nitraatresidu-evaluatie op bedrijfsniveau ook gehanteerd als controle-instrument en kunnen landbouwers bij een negatieve evaluatie aangeduid worden als focusbedrijf. Afhankelijk van de ernst van de vastgestelde overschrijdingen moeten landbouwers steeds ingrijpender maatregelen toepassen. Deze bijhorende maatregelen moeten op zich, een gedragswijziging bij de landbouwers teweeg brengen, een stimulans vormen voor meer oordeelkundige bemesting en bijgevolg bijdragen aan de verlaging van het nitraatresidu.
De Vlaamse Landmaatschappij evalueert de metingen van het nitraatresidu en bundelt de resultaten elk jaar in een nitraatresidurapport.